Une dépense de sous-traitance n’entre pas dans le CIR du seul fait que le prestataire est agréé et qu’une facture existe. Il faut encore établir la nature des travaux, leur lien avec une opération de recherche, le montant retenu et son rattachement à la bonne année.
Ce que montre l’arrêt Neomerys
Dans un arrêt du 29 juillet 2024, la cour administrative d’appel de Toulouse a écarté certaines dépenses déclarées au titre de 2019. Pour plusieurs contrats, les versements étaient prévus plus tard et l’entreprise n’avait pas démontré leur paiement en 2019. Ailleurs, les factures produites ne suffisaient pas à établir ce règlement.
La décision ne crée pas, à elle seule, une règle nouvelle applicable à tous les dossiers. Elle montre toutefois ce qui se passe lorsque le contrat, la facture, la comptabilité et la preuve du paiement ne racontent pas la même histoire.
Commencer par les travaux, pas par la facture
Avant tout calcul, la prestation doit être rattachée à une opération de recherche éligible menée par le donneur d’ordre. Une mission d’ingénierie courante, d’assistance ou de conseil ne devient pas de la R&D parce qu’elle est confiée à un organisme agréé.
Le dossier doit montrer ce que le prestataire a réellement cherché, les difficultés rencontrées et ce qu’il a livré. Les documents comptables ne suffisent pas.
Relier chaque facture à une contribution technique
| Pièce | Ce qu’elle doit permettre de vérifier |
|---|---|
| Contrat ou commande | Le périmètre prévu, les responsabilités et les livrables. |
| Compte rendu ou donnée | Les travaux réellement menés et les résultats obtenus. |
| Facture | Le montant et la période correspondant aux travaux. |
| Paiement et comptabilité | Le rattachement retenu pour l’année déclarée. |
| Agrément | Sa validité pour le prestataire et la période concernés. |
Il faut aussi conserver :
- contrat, bon de commande et cahier des charges ;
- description des travaux et qualifications mobilisées ;
- comptes rendus, résultats, essais et livrables ;
- agrément valable pour la période concernée ;
- factures et preuves de règlement.
Deux séries de plafonds à combiner
Les dépenses externalisées auprès d’organismes privés agréés sont d’abord limitées à trois fois le montant des autres dépenses de recherche ouvrant droit au CIR. Une entreprise qui ne supporte aucune autre dépense de recherche ne peut donc pas simplement faire entrer toutes ses factures privées agréées dans l’assiette.
Un second plafond s’applique ensuite : 2 millions d’euros par an lorsqu’un lien de dépendance existe avec le prestataire, 10 millions d’euros dans le cas contraire. Le plafond de 2 millions est compris dans celui de 10 millions. En pratique, c’est la limite la plus basse issue de ces calculs qui borne le montant retenu.
Appliquer les limites dans un ordre lisible
- Identifier les dépenses externalisées qui répondent aux conditions de fond.
- Calculer la limite liée aux autres dépenses de recherche de l’entreprise.
- Vérifier le plafond correspondant à l’existence ou non d’un lien de dépendance.
- Retenir le montant le plus faible issu de ces contrôles.
Ces calculs gagnent à apparaître sur des lignes séparées. Une réduction globale non expliquée est difficile à rapprocher des factures et du reste de l’assiette.
Rattacher chaque somme à l’exercice déclaré
Une facture datée de décembre ne règle pas automatiquement la question. Il faut lire les échéances contractuelles, identifier les acomptes, vérifier les paiements et rapprocher ces éléments du traitement comptable appliqué.
- Recensement des contrats, avenants et échéanciers.
- Rapprochement de chaque facture avec les travaux et livrables correspondants.
- Identification des paiements partiels ou intervenus après la clôture.
- Justification du rattachement retenu pour la déclaration.
Construire une piste d’audit continue
Le chemin doit rester lisible : montant déclaré, projet, rôle du prestataire, travaux réalisés, livrables, facture, règlement et plafonnement.
En pratique, cette continuité se construit pendant l’année. Les équipes de recherche, les achats et la finance doivent rapprocher leurs informations au fil de l’eau. Quelques mois plus tard, un contrat imprécis ou un paiement mal identifié est beaucoup plus difficile à expliquer.
Ne confondez pas sous-traitance et recherche collaborative. Ici, la dépense reste rattachée au CIR du donneur d’ordre. Le CICo répond à une autre logique : objectif commun, partage des risques et organisme de recherche agréé.
La nature des opérations reste le premier filtre. Le guide sur l’éligibilité au CIR permet de reprendre ce point avant le calcul.
Rédigé par Carine Doyharçabal
Docteure en génétique quantitative, Carine Doyharçabal accompagne la structuration, le financement et le pilotage des projets de R&D.
