Crédit d’impôt recherche : éligibilité, dépenses et calcul

L’éligibilité au crédit d’impôt recherche dépend d’abord des opérations de R&D réellement menées, puis des dépenses qui leur sont directement rattachées. Une activité innovante, complexe ou nouvelle pour l’entreprise ne suffit pas si elle ne cherche pas à lever une incertitude scientifique ou technique au moyen d’une démarche systématique.

Quelles entreprises peuvent bénéficier du CIR ?

Le CIR concerne les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées d’après leur bénéfice réel, ainsi que certaines entreprises exonérées par des dispositifs expressément visés par le code. Le secteur d’activité et la taille ne déterminent pas, à eux seuls, l’éligibilité.

Les dépenses doivent en principe correspondre à des opérations localisées dans l’Union européenne ou dans un État de l’Espace économique européen ayant conclu avec la France la convention d’assistance administrative requise. Des règles particulières existent selon la nature de la dépense et du prestataire.

Identifier une opération de recherche éligible

Les travaux peuvent relever de la recherche fondamentale, de la recherche appliquée ou du développement expérimental. L’analyse doit partir de l’état des connaissances accessibles et faire apparaître une difficulté qui ne peut pas être résolue par les pratiques courantes d’un professionnel compétent.

• Décrivez l’état de l’art et ses limites.
• Formulez l’incertitude scientifique ou technique.
• Présentez les hypothèses, essais, résultats et échecs.
• Montrez le caractère systématique et reproductible de la démarche.
• Séparez les travaux de recherche des activités de production, maintenance, adaptation et commercialisation.

Un prototype n’est pas automatiquement éligible : il doit être utilisé dans une démarche de recherche visant à produire des connaissances ou à résoudre l’incertitude identifiée.

Quelles dépenses retenir depuis le 15 février 2025 ?

Une fois les opérations qualifiées, examinez séparément les dépenses internes et celles qui dépendent d’un prestataire ou d’une règle particulière.

Dépenses engagées par l’entreprise

• Matériel : dotations aux amortissements des biens neufs directement et exclusivement affectés à la recherche.
• Personnel : rémunérations et charges sociales obligatoires des chercheurs et techniciens, selon le temps consacré aux opérations.
• Fonctionnement : forfait de 75 % des amortissements concernés et de 40 % des dépenses de personnel éligibles.

Dépenses soumises à des conditions propres

• Recherche externalisée : agrément, localisation et plafonds doivent être contrôlés pour chaque organisme.
• Normalisation : seules certaines dépenses directement liées aux produits de l’entreprise sont admises.

Pour les dépenses exposées depuis le 15 février 2025, l’assiette ne comprend plus les frais de prise, de maintenance et de défense des brevets ou certificats d’obtention végétale. Les dépenses de veille technologique ont également été retirées.

À la même date, le régime majoré « Jeune Docteur » a pris fin.

Calculer le taux du CIR recherche

En métropole, le taux est de 30 % sur la fraction des dépenses de recherche inférieure ou égale à 100 millions d’euros, puis de 5 % au-delà. Pour les dépenses exposées dans des exploitations situées dans les départements d’outre-mer, le taux est de 50 % jusqu’à 100 millions d’euros, puis de 5 % au-delà.

Les taux de 35 % et 40 % applicables en Corse concernent certaines dépenses d’innovation du CII, et non le CIR recherche. Le CICo est également un dispositif distinct, avec sa propre assiette, ses taux et son plafond.

Les subventions publiques liées aux opérations éligibles sont déduites de l’assiette selon les règles applicables. Les honoraires de conseil au résultat ou dépassant certains seuils peuvent aussi devoir être retranchés.

Déclarer et utiliser le crédit

La déclaration spéciale 2069-A-SD est transmise par voie dématérialisée avec les obligations fiscales correspondantes. Les entreprises qui engagent plus de 10 millions d’euros de dépenses de recherche doivent joindre l’état complémentaire 2069-A-1-SD.

Le crédit s’impute d’abord sur l’impôt dû. La créance qui reste peut, en principe, être utilisée pendant les trois années suivantes, puis remboursée.

Un remboursement immédiat est possible dans plusieurs situations prévues par les textes, notamment pour les PME au sens du droit de l’Union, les jeunes entreprises innovantes, certaines entreprises nouvelles et les entreprises engagées dans une procédure concernée.

Préparer les preuves avant le dépôt

Le dossier justificatif doit relier les opérations, les personnes, les temps, les immobilisations, les contrats, les factures et les calculs. Les preuves produites pendant les travaux — états de l’art, protocoles, versions, données, résultats négatifs et décisions — sont plus fiables qu’une reconstitution tardive.

Deux points demandent souvent une lecture séparée : le rattachement et le plafonnement des dépenses de sous-traitance, puis la transition liée à la suppression du régime Jeune Docteur. Une collaboration avec un organisme de recherche peut, quant à elle, relever du CICo si ses conditions propres sont réunies.

Les règles d’éligibilité sont nationales. Le guide consacré au dossier CIR à Toulouse présente leur mise en œuvre dans un environnement local sans ajouter de critère territorial.